Monitoring ist im neuen Tiergesundheitsgesetz definiert als ein System wiederholter Beobachtung, Untersuchung und Bewertung von Tierseuchenerregern (in oder auf lebenden oder toten Tieren oder an Orten, an denen üblicherweise Haustiere oder Fische gehalten werden oder sich wildlebende Tiere aufhalten), das dem frühzeitigen Erkennen von Gefahren, die von Tierseuchenerregern ausgehen können, durch die Untersuchung repräsentativer Proben dient.
Je nach Zielgruppe der zu untersuchenden Tiere wird zwischen einem sogenannten aktiven Monitoring (Stichprobenuntersuchungen an klinisch gesund erscheinenden Tieren) und dem sogenannten passiven Monitoring (selektive Untersuchung von kranken und verendeten Tiere) unterschieden. Die Bedeutung dieser Monitoringuntersuchungen liegt in einer frühzeitigen Erkennung eines neuen Erregereintrags in eine bisher noch nicht betroffene Population bzw. dem Nachweis der Erregerfreiheit nach entsprechend vorangegangenen Bekämpfungsmaßnahmen. Gegen hochinfektiöse Tierseuchen wie z. B. Schweinepest und Geflügelpest werden in den Mitgliedstaaten entsprechende Überwachungsprogramme an Nutz- und Wildtieren durchgeführt und die anfallenden Laboruntersuchungskosten zum Teil durch die Europäische Kommission refinanziert (http://www.pei.de/DE/arzneimittel/impfstoff-impfstoffe-fuer-tiere/impfstoff-impfstoffe-fuer-tiere-node.html).
Vergleichbares gilt auch für sogenannte Zoonosen (Tollwut, Salmonellen bei Geflügel) infolge des Infektionspotentials für den Menschen nach Tierkontakt bzw. Verzehr entsprechender Lebensmittel.
Des Weiteren werden Monitoringuntersuchungen auch durch Verbände oder Erzeugergemeinschaften im Rahmen diverser Tiergesundheitsprogramme durchgeführt.